متن پیام رئیس جمهوری به این شرح است:

انا لله و انا الیه راجعون

یکبار دیگر دستان پلید استکبار جهانی با مزدوری رژیم غاصب صهیونیستی به خون فرزندی از فرزندان رشید و برومند این مرز و بوم آغشته شد و ملت ایران را در غم و اندوه از دست دادن دانشمندی پرتلاش فرو برد.

بی شک این حادثه تروریستی و مذبوحانه ناشی از عجز و ناتوانی دشمنان قسم خورده ملت ایران در برابر حرکت علمی و افتخارات و توانمندی‌های ملت بزرگ ایران و شکست‌های پی در پی آنان در منطقه و دیگر عرصه‌های سیاسی جهان بوده و عمق خباثت و کینه آنان را همچون دیگر اقدامات غیر انسانی، در اذهان جهانیان زنده کرد.

اما دشمنان زبون ملت ما بدانند با شهادت امثال دکتر محسن فخری‌زاده نه تنها خللی در اراده جوانان و دانشمندان ایران اسلامی در پیمودن مسیر رشد شتابنده علمی و فتح قله‌های افتخار ایجاد نخواهد شد، بلکه عزم آنان را در ادامه راه این شهید گران قدر مصمم‌تر خواهد کرد و خون شهیدانمان جوشان و خروشان باقی خواهد ماند.

بی‌تردید وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح با ایثار و تلاش روزافزون و بهره‌گیری از همکاران و شاگردان این شهید والامقام جای خالی این دانشمند خدوم را پر خواهد کرد.

اینجانب با درود به روح مطهر این شهید بزرگوار و ابراز همدردی با خانواده محترم ایشان، این ضایعه را به جامعه علمی کشور و مردم انقلابی ایران تسلیت عرض می‌کنم و برای عموم بازماندگان ایشان صبر و اجر از درگاه خداوند بزرگ مسالت دارم.

حسن روحانی

رئیس جمهوری اسلامی ایران