وزارت بازرگانی در سال ۱۲۹۸ قمری تاسیس شد.
بنابه نیازها و استراتژی بودن امر بازرگانی در جامعه؛ از دیرباز این امر مورد توجه حکومت‌ها و سلاطین ایرانی بوده است؛ به گونه‌ای که نخستین بار در سال (۱۲۸۹ قمری) «وزارت تجارت» توسط ناصرالدین شاه تأسیس شد که وظایف آن ایجاد ارتباط بین دولت و بازرگانان و انجام سایر امور تجاری مملکت بوده است.
در سال ۱۳۱۸ بنابه پیشنهاد فرهنگستان ایران «وزارت تجارت» به «وزارت بازرگانی» تغییر نام یافت.
در سال ۱۳۵۳ «وزارت بازرگانی» از وزارت اقتصاد تفکیک و به طور مستقل و با اهداف مشخص شروع به فعالیت کرد.
در ۱۶ تیر سال ۱۳۵۳ قانون تشکیل این وزارتخانه به تصویب مجلس شورای ملی سابق و در ۲۶ تیرماه همان سال به تصویب مجلس سنای آن زمان رسید.
در سال ۱۳۵۹ مجدداً تشکیلات وزارت بازرگانی با تغییراتی به تصویب سازمان امور اداری و استخدامی کشور رسید که شامل ۹ معاونت بود.
تشکیلات وزارت بازرگانی که از سال ۱۳۵۹ بدون تغییر باقی مانده بود در سال ۱۳۷۷ با جهت گیری تصویب بخش کارشناسی و تخصصی، کوچک سازی و واگذاری امور خدماتی و پشتیبانی به بخش غیردولتی در مسیر تحول قرار گرفت.
تشکیلات وزارت بازرگانی با اصلاحاتی در دی ماه ۱۳۸۳ با ۴ معاونت و ۸ موسسه و شرکت وابسته به تایید سازمان مدیریت رسید.
در سال ۱۳۸۴ با پیشنهاد وزیر بازرگانی، معاونت هماهنگی، توسعه منابع و امور مجلس به دو معاونت اداری و مالی و معاونت هماهنگی و امور مجلس تفکیک شد و معاونت‌ها به ۵ معاونت افزایش یافت.
وزارت بازرگانی در سال ۹۰ با وزارت صنایع و معادن ادغام شد و وزارتخانه صنعت، معدن و تجارت تشکیل شد.
