وظیفه شناسایی خانه‌های خالی بر عهده وزارت راه و شهرسازی از طریق سامانه املاک و اسکان گذاشته شده است که این وزارتخانه با راه‌اندازی سامانه املاک و اسکان نسبت به ثبت اطلاعات سکونتی افراد اقدام کرد و کسانی که در مهلت تعیین شده نتوانستند این اطلاعات را ثبت کنند، خانه آن‌ها به عنوان خاله خالی به سازمان امور مالیاتی از سوی وزارت راه و شهرسازی معرفی شد.  

البته  قانون مالیات خانه‌های خالی از زمانی که اجرای آن شروع شد تاکنون که در حال اجراست، همواره مورد انتقاد کارشناسان و مسئولان به خصوص مجلسی‌ها بوده است.  این انتقادات ناشی از روند شناسایی واحدهای مسکونی خالی از سکنه تا اخذ مالیات از آن‌ها است زیرا، گفته می‌شود که وزارت راه و شهرسازی به عنوان نهاد مربوطه برای شناسایی خانه‌های خالی سریع و کارآمد عمل نمی‌کند.  

موضوعی که داوود منظور، رییس سازمان امور مالیاتی نیز اخیرا به آن اشاره و اعلام کرده است با خود اظهاری نمی‌توان خانه‌های خالی را شناسایی کرد. تعریف خانه‌های خالی غلط است. تاکنون ۵۲۰ هزار رکورد خانه خالی توسط وزارت راه و شهرسازی ثبت شد که از این میزان ۲۱۶ اعتراض صورت گرفت که همگی وارد بوده است. وی همچنین این پیشنهاد را مطرح کرد که در شناسایی خانه‌های خالی باید از ظرفیت شهرداری استفاده شود.

در این میان آمارها نیز بر عدم تحقق این درآمدها مهر تایید زده است. چراکه درامد حاصل از مالیات بر واحدهای مسکونی خالی از سکنه در ۷ ماه سال جاری فقط یک میلیارد و ۴۰۲ میلیون و ۵۰۰ هزار تومان بوده است.